Οι μισθωτές πρέπει να τηρούν υποδειγματικά καθαρούς όλους τους χώρους της Αγοράς τόσο τις μονάδες, αλλά και τους κοινόχρηστους χώρους και να διευκολύνουν την υπηρεσία καθαριότητας του Δήμου στο έργο της.  

Στο τέλος της ημέρας υποχρεούνται να φροντίζουν για την καθαριότητα του χώρου τους, δηλ. να συγκεντρώνουν τα απορρίμματα  και να τα μεταφέρουν οι ίδιοι με σακούλες αεροστεγώς στους κάδους αποκομιδής απορριμμάτων.

Την ώρα που λειτουργεί η Αγορά από την έναρξη μέχρι και τη λήξη της οι μισθωτές είναι υπεύθυνοι για την καθαριότητα (άμεση και συνεχή συλλογή απορριμμάτων).

Ιδιαίτερη μέριμνα λαμβάνεται για την ταχεία απομάκρυνση των κάθε είδους απορριμμάτων ευπαθών και ευαλλοίωτων προϊόντων και ιδίως του νερού που προέρχεται από το λιώσιμο του πάγου, που χρησιμοποιείται για τη συντήρηση των αλιευμάτων. Ο καθαρισμός των αλιευμάτων επιτρέπεται μόνο εφόσον οι πωλητές πληρούν τους όρους και τις προϋποθέσεις του Κανονισμού 852/2004 του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου και του Συμβουλίου της 29η Απριλίου 2004 για την υγιεινή των τροφίμων (L139)και λαμβάνουν κάθε μέτρο για την τήρηση των κανόνων υγιεινής. Τα από νερά και τα υπολείμματα από τον καθαρισμό των αλιευμάτων συλλέγονται σε ειδικά δοχεία, απομακρύνονται από την αγορά με ευθύνη και μέριμνα του πωλητή και στη συνέχεια  αντιμετωπίζονται ως ειδικά απόβλητα, ανάλογα με τον χαρακτήρα τους. Σε καμία περίπτωση δεν διοχετεύονται στα δίκτυα των όμβριων υδάτων.